Divisé en trois parties, l’ouvrage étudie l’appareil inquisitorial, ses hommes, ses normes et ses codes, son activité et sa vie carcérale ; la vie vice-royale dans trois régions rurales métissées ; et analyse les caractéristiques de deux groupes spécifiques : les crypto-Juifs et les Noirs métisses ; ainsi que l'étude de trois béates et les visites effectuées par les inquisiteurs Saenz de Mañozca et Medina Rico.