Quand il n'affronte pas les défis de son quotidien de lycéen, Peter Parker défend la ville de New York sous le costume de Spider-Man ! Il doit notamment faire face à une invasion d'animaux mutants, qui pourrait cacher un lourd secret... Heureusement, il peut compter sur l'aide de ses amis Miles Morales et Gwen Stacy, les autres stars du film Spider-Man: New Generation.