En intervention auprès de personnes atteintes d'autisme, le zoothérapeute décrypte le comportement de l'animal, qu'il se doit de bien connaître, pour tester l'intensité de la présence de l'autiste. Auprès de ces patients, on vise particulièrement à améliorer l'aspect relationnel en donnant des outils de communication et en travaillant à maintenir ceux déjà en place. Certaines personnes atteintes profondément conserveront en mémoire le vécu et les expériences de la thérapie. De plus, elles pourront peut-être acquérir quelques réflexes de communication. D'autres patients réussiront à prendre conscience de leur fonctionnement relationnel et cela permettra l'apprentissage de certains comportements et aptitudes.