Il Conclave ha eletto appena eletto un nuovo Papa, Teofil Kowalski, arcivescovo di Cracovia, che ha scelto il nome di Giovanni Paolo III. La scelta del collegio cardinalizio ha colto di sorpresa tutto il mondo. Kowalski è un uomo impacciato, timido, ansioso, che si sente a disagio tra la folla, apparentemente inadatto alla carica. Ma quel che nessuno sospetta è che Papa Kowalski nasconde uno sconvolgente segreto: è ateo. Il nuovo papa polacco non crede più in Dio ormai da molti anni. Il nuovo pontefice ha idee molto lontane dalle posizioni ufficiali della Chiesa sulle tematiche di natura sociale e morale, ma non ha mai trovato il coraggio di esprimere il proprio dissenso e rinunciare alla tonaca. Ora, per quello che sembra uno strano scherzo del destino, si ritrova sovrano assoluto di un’istituzione che considera obsoleta. Come si comporterà? Riuscirà il nuovo Pontefice a realizzare la sua visione di rinnovamento della Chiesa nonostante le sue debolezze caratteriali? Riuscirà a cambiare il volto della Chiesa pur non potendo contare sulla fede in Dio, a differenza dei suoi predecessori? Il nuovo Pontefice si renderà presto conto che la parte del clero più tradizionalista, impersonata dal potente Segretario di Stato Caetani, è disposta a tutto pur di impedire qualsiasi suo piano di riforma. Durante il suo primo viaggio apostolico nella sua terra natale, in Polonia, Kowalski, riscoprirà le sue origini e rivivrà il cammino che lo ha portato alla perdita della fede. Una volta di ritorno a Roma, il pontefice polacco deciderà di convocare un Concilio Vaticano, il Terzo. Le sue idee sono rivoluzionarie: non solo vuole rendere la Chiesa più aperta e tollerante, ma intende modificare in profondità il concetto stesso di Dio. Riuscirà a portare a compimento il suo obiettivo e cambiare la Chiesa per sempre, o verrà fermato dalle potenti forze che si oppongono al suo pontificato? La conclusione dello scontro è incerta, ma ciò che è certo è che dopo questo pontificato la Chiesa non sarà più la stessa.